Madrasah Aliyah Negeri (MAN) 1 Magelang berasal dari Sekolah Guru Hakim Islam (SGHI) didirikan oleh Direktur Pendidikan Agama, Direktorat Pendidikan Agama Departemen Agama RI pada tanggal 25 Mei 1950 berlokasi di Kejuron, Kelurahan Cacaban, Kecamatan Magelang Selatan, Kota Magelang. Pada tahun 1956 SGHI berubah menjadi Pendidikan Guru Agama Pertama (PGAP). Pada tahun 1957 lokasi tersebut diambil alih oleh yang berwenang Kepolisian Republik Indonesia, PGAP berpindah ke Gedung Muhammadiyah di Jalan Tidar Nomor 21 Kota Magelang. Pada tahun 1960 berubah lagi menjadi Pendidikan Guru Agama Empat Tahun. Pada tahun 1967 Pendidikan Guru Agama Empat Tahun berubah menjadi Pendidikan Guru Agama Enam Tahun.
Pada tahun 1971 lokasi Pendidikan Guru Agama Enam Tahun diambil alih oleh Muhammadiyah, kemudian lokasi pembelajaran berpindah ke alamat yang sekarang yakni Jalan Sunan Bonang Nomor 17 Karet Magelang pada era kepemimpinan Drs. H. Muhammad Yunus, termasuk beliau yang mencarikan tanah sebagai lokasi Pendidikan Guru Agama Enam Tahun. Pada tahun 1980 Pendidikan Guru Agama Enam Tahun berubah menjadi Pendidikan Guru Agama Negeri (PGAN). Seiring penghapusan sekolah keguruan pada jenjang Sekolah Lanjutan Tingkat Atas (SLTA), pada tahun 1990 Pendidikan Guru Agama Negeri (PGAN) berubah menjadi Madrasah Aliyah Negeri (MAN) Magelang berdasarkan Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 64 Tahun 1990 tanggal 25 April 1990.
Pada tahun 1997, seiring dengan Surat Edaran Direktur Jenderal Pembinaan dan Penempatan Tanaga Kerja Departemen Tanaga Kerja RI Nomor B.11703/BP/1990 tanggal 7 Juni 1990 bekerja sama dengan Departemen Agama tentang Anggota Tim Pengarah Keterampilan dan Bantuan Tenaga Instruktur, maka MAN Magelang ditunjuk menjadi salah satu dari 82 MA se Indonesia menjadi penyelenggaran Program Keterampilan dalam Surat Keputusan Direktur Jenderal Pembinaan Kelembagaan Agama Islam Departemen Agama Nomor E/248.A/1997 tanggal 27 Oktober 1997, yang terdiri dari Program Keahlian Reparasi Peralatan Listrik, Reparasi Sepeda Motor dan Tata Busana. Dengan ditetapkannya MAN Magelang sebagai MA Program Keterampilan, maka dibangun 3 (tiga) Gedung Workshop pada tahun 1998 dan didatangkan Guru Keterampilan sesuai dengan programnya.
Pada tahun 1998, berdasarkan Surat Keputusan Direktur Jenderal Pembinaan Kelembagaan Agama Islam Departemen Agama Nomor E.IV/PP.00.6/KEP.17.A/1998 tanggal 20 Februari 1998 MAN Magelang ditetapkan sebagai MAN Model bersama 35 MAN yang lain seluruh Indonesia. Penetapan MAN Magelang sebagai MAN Model mempunyai konsekwensi harus menyediakan lahan untuk pendirian Gedung Pusat Sumber Belajar Bersama (PSBB) pada tahun 1999, sebagai tempat pendidikan dan pelatihan aparatur Departemen Agama di Provinsi Jawa Tengah bagian selatan. Disamping itu juga berhak atas sebuah Mobil Dinas Toyota Kijang LGX hijau.
Pada tahun 2015 berdasarkan Keputusan Menteri Agama RI Nomor 211 Tahun 2015 tanggal 27 Juli 2015 terjadi perubahan nama dari MAN 1 Magelang Kabupaten Magelang menjadi MAN 1 Magelang. Perubahan nama tersebut bersama dengan 39 MAN se Jawa Tengah. Sehingga secara resmi nama madrasah menjadi MAN 1 Magelang, Jalan Sunan Bonang No. 17 Magelang. Meskipun secara administrasi keuangan DIPA dan BOS sementara waktu masih menggunakan nama MAN 1 Magelang Kabupaten Magelang, menunggu ketentuan penggunaan anggaran dari Kementerian Keuangan RI.
Pada tanggal 2 September 2016 MAN Magelang ditetapkan sebagai Madrasah Aliyah Penyelenggara Keterampilan berdasarkan Keputusan Dirjen Penddikan Islam Kementerian Agama RI Nomor 4924 Tahun 2016 dengan Program Keahlian : (1) Teknik Elektro (2) Perbaikan dan Perawatan Sepeda Motor (3) Tata Busana (4) Tata Boga (5) Perbaikan dan Perawatan Komputer.
